Veel emissiearme stalsystemen zijn zo bedacht dat mest of urine snel wordt afgevoerd van de vloer naar een opslag. Om een effectieve verlaging van de emissies te bereiken zijn verschillende aspecten belangrijk. Voor ammoniak is het besmeurde oppervlak en de luchtverversing boven het oppervlak van belang. De vloer moet dus zo schoon mogelijk zijn (geen resten urine) en in de opslag moet vrijwel geen luchtverplaatsing zijn (bijvoorbeeld een afgedekte mestsilo).
Voor methaan ligt dit anders. De methaanvorming kost meer tijd en is vooral gerelateerd aan de hoeveelheid mest die blijft liggen. Een schoon oppervlak is vanuit het oogpunt van methaan minder belangrijk.
De mestopslag moet daarentegen niet alleen afgedekt zijn, maar ook gasdicht zijn om methaanemissie te voorkomen. Afdekken alleen, ook gasdicht, (= beperken luchtverversing) helpt niet tegen methaanproductie. Om latere emissie van methaan te voorkomen, dient het methaan afgevangen en behandeld te worden.
Lees meer over het afvangen en behandelen van methaan op de pagina ‘methaan oxideren'.
De mest die in de weide wordt uitgescheiden komt niet in een anaerobe (zuurstofloze) omgeving en er vormt dus vrijwel geen methaan. De opslagperiode is dan vrijwel nul. Omdat urine direct in de grond kan trekken, komt het niet in aanraking met mest. Hierdoor is ook de ammoniakemissie veel lager in de weide.