Ammoniakvorming in de mestopslag en mestkelder vindt op dezelfde manier plaats als in de stal. Nadat ammoniak ontstaat, blijft het voor een deel opgelost in de mest of hangen in de luchtlaag net boven de mest. De ammoniak die tijdens opslag niet vervluchtigt, kan tijdens uitrijden alsnog vervluchtigen. Daarom is het belangrijk om maatregelen in de hele mestketen op elkaar af te stemmen.
Methaanvorming in mest wordt hoger naarmate bacteriën in de mest actiever zijn, en naarmate zij langer de tijd krijgen om organische stof uit de mest te fermenteren. De belangrijkste factor die invloed heeft op bacteriële activiteit is de temperatuur van de mest. Methaanproductie is hoger naarmate de temperatuur hoger is en de opslagduur langer. Ook de zuurgraad is van invloed op methaanvorming: Methaanvormende bacteriën gedijen goed bij een pH van ongeveer 7,5 – 8,5. Methaanvorming is ook hoger naarmate er meer bacteriën aanwezig zijn. Het ent-percentage is een maat voor de hoeveelheid achtergebleven mest met bacteriën in de put of de opslag. Wanneer kelders niet goed worden leeggemaakt, blijven er bacteriën aanwezig en komt de methaanvorming weer snel op gang zodra nieuwe mest wordt toegevoegd. In schoongemaakte kelders komt de methaanvorming langzamer op gang dan in niet-schoongemaakte kelders.