Op een melkveebedrijf ontstaat ammoniak hoofdzakelijk uit de stikstof in de urine van de koe. Die stikstof is afkomstig uit eiwitten in het voer. De hoeveelheid eiwitten in het voer bepaalt daarom in belangrijke mate de hoogte van de ammoniakemissie. Een groot deel van het eiwit in het voer wordt verteerd in de magen van de koe en opgenomen via de darmen en komt zo in het bloed terecht. De koe gebruikt een deel van dat eiwit voor de productie van melk, en voor groei. Het deel van het verteerde eiwit dat de koe niet benut, wordt gefilterd via de nieren en verlaat via urine het lichaam. Het onverteerbare eiwit komt terecht in de mest. Als de melkveehouder teveel eiwit voert, neemt vooral de eiwithoeveelheid in het bloed van de koe toe en zal bij gelijke (melk)productie de uitscheiding van stikstof via urine toenemen. Die stikstof wordt uitgescheiden als ureum. Wanneer ureum na uitscheiden in contact komt met het enzym urease uit mest, zet urease de ureum om in ammoniak, die vervolgens vervluchtigt.
In de pens en in de dikke darm van de koe zitten micro-organismen (bacteriën, schimmels, protozoa, gisten). Deze micro-organismen zijn verantwoordelijk voor het verteren van voer. Bij het verteren van voer ontstaat methaan. De koe ontdoet zich van methaan uit de pens door het op te rispen. Ontstaat de methaan in de dikke darm (en dat is maar een klein beetje), dan verlaat het de koe via het laten van scheten. De belangrijkste factoren voor methaanproductie zijn de hoeveelheid voeropname en de voervertering. Des te meer voer de koe vreet, des te hoger de methaanproductie in de pens. Grofweg kan men stellen dat bij vertering van producten die rijk zijn aan oplosbare suikers en/of vezels, per kg product méér methaan gevormd wordt dan bij fermentatie van producten die rijk zijn aan zetmeel.
“Je bent wat je eet” geldt ook voor dieren: het rantsoen dat het dier eet, beïnvloedt energie, gedrag, productie en de ammoniak- en methaanemissies.